Jules Koundé est né à Paris le 12 novembre 1998. Issu d’une famille d’origine béninoise, il a débuté le football dans la banlieue de Bordeaux. À l’âge de 14 ans, il intègre le club des Girondins de Bordeaux après avoir passé les tests d’entrée.

Il réalise ses débuts en équipe première à l’âge de 19 ans, en Coupe de France contre Granville. Il devient un cadre de l’équipe et s’engage avec le FC Séville par la suite.

Joueur essentiel pour Julen Lopetegui, il contribue aux succès du club andalou, qui remporte l’Europa League.